
On a trouvé à Didenheim des traces d'occupation humaine du néolithique (-3000 à -2200) et du Bronze
final (-1250 à -1050), mais c'est en 796 quel le village est pour la première fois cité sous le nom de Tudinhain dans un document de l'abbaye de Murbach.
Au moyen-âge, cet important établissement religieux y possédait des biens qui furent en partie cédés à l'abbaye de Lucelle en 1301.
Les Habsbourg de 1324 à 1648, puis les rois de France, inféodèrent le village aux Hattmansdorfer puis à partir de 1553 aux Ruest, qui détenaient aussi le château Byss, situé à proximité de l'actuel Collège épiscopal de Zillisheim.
En 1646, Martin Besenwald, un bourgeois de Soleure, enrichi par la vente du sel pendant la guerre des Trente Ans, acquit les villages de Didenheim, Brunstatt et Riedisheim, et en 1726 Louis XV les érigea en baronnie. Les Besenwald résidaient dans leur château de Brunstatt, mais, souvent pris par leurs fonctions à Soleure et au service de la France , ils confièrent l'administration de leurs biens à un bailli qui habitait sans doute l'imposante demeure située au 7 de la rue de l'Eglise, à proximité du presbytère.
De nombreuses autres maisons religieuses et familles nobles possédaient des droits et des biens à Didenheim, mais seuls les Sulger, originaires du Brisgau, qui détenaient depuis 1560 une partie de la dîme (un impôt sur les récoltes), résidaient dans le village à la fin du XVIIIè siècle.
De la Révolution, débutée en 1789, naquirent les structures administratives que nous connaissons encore actuellement, et Didenheim dépendit alors successivement des cantons de Brunstatt (1790), Lutterbach (1795), Mulhouse (1802) et Mulhouse-Sud (1861).
Les événements sanglants n'épargnèrent pas le village au cours des siècles. Pendant la guerre de Cent Ans, en 1375, ce furent les sévices des mercenaires d'Enguerand de Coucy, puis ceux des troupes de Berne et de Soleure qui l'incendièrent en 1468, et de l'armée du Duc de Bourgogne qui le pillèrent en 1474. Heureusement, lors de la révolte des paysans en 1525, et pendant la guerre de Trente Ans, entre 1632 et 1640, la population de Didenheim put se réfugier derrière les murs de Mulhouse, ville calviniste et alliée aux Suisses.
En 1914-18 le village devint une charnière dans la défense de la plaine et on y construisit des abris ainsi qu'un chemin de fer à voie étroite le reliant à Zillisheim et à Hochstatt.
Pendant la seconde guerre mondiale, la population de Didenheim n'eut pas à subir d'exactions de la part des Nazis, bien qu'elle se livrât à une résistance d'autant plus efficace qu'elle fut passive. Ceci amena le surnom de « S'Unbsetzte » (la zone non occupée). Dans la région, pour dire qu'une information provenait de Radio-Londres, l'on précisait : « D'r Didemer hat's gsait » (Radio-Didenheim l'a annoncé).
Un moine irlandais, disciple de Saint Colomban, vint évangéliser la région au début du VIIè siècle. Il s'appelait Gall et la tradition rapporte qu'il se serait arrêté à Didenheim avant d'aller fonder le monastère qui porte son nom sur les bords du lac de Constance.
Il devint le patron de la paroisse qui avait son église dans le village au Moyen-Age. C'est seulement vers 1500 qu'on la construisit sur le Gallenberg afin de la rapprocher des Hochstattois qui en dépendaient.
Une foire réputée pour la vente du bétail, de laine et de draps, se tenait chaque année à la Saint-Gall sur les prés avoisinants, jusqu'à ce que les Besenwald la fassent transférer en 1756 à Brunstatt.
C'est à la même époque que l'ancienne église, devenue trop vétuste et inutile pour les Hochstattois, qui avaient obtenu leur propre lieu de culte, fut détruite et remplacée par l'église actuelle abritant un orgue Stiehr de 1834, restauré en 1985 ;
A la place de l'ancienne église, sur la colline, les Didemer érigèrent en 1846 une croix sur un socle que l'on peut toujours voir. Il évoque le souvenir de l'ancienne église et des paroissiens de Durrenguebwiller, un village sans doute disparu dès le XIVè siècle, et situé entre Didenheim et Hochstatt.
C'est en 1881 que le Gallenberg vit à nouveau s'élever un sanctuaire sur son sommet. A la suite d'un vœu, l'ancien maire de Didenheim François-Joseph KNECHT (1816-1896) y fit construire une chapelle. Endommagée le 19 août 1914, elle fut restaurée en 1932 grâce au curé de l'époque, l'Abbé Adolphe MOSCHENROSS (1891-1941), connu pour ses travaux d'historien.
Malheureusement détruite pendant les combats de la libération en 1944-45, elle fut entièrement rasée et il fallut attendre 1963 pour voir la chapelle actuelle s'élever sur ce site chargé d'histoire.
En 1982 furent fixés contre un mur de la chapelle les dalles funéraires du fondateur, François-Joseph KNECHT.
C'est à DIDENHEIM que naquit le 10 juillet 1850 Marie-Augustin ZWILLER. A 13 ans, orphelin de père, il alla travailler dans une usine textile où il dessinait des sujets destinés à l'impression sur étoffes. Après avoir été professeur de dessin à Mulhouse, il monta à Paris en 1883 et installa son atelier à Neuilly.
Devenu un portraitiste renommé, il revenait régulièrement passer des vacances en Alsace et peindre sur les bords de l'Ill à Didenheim, qui conserve depuis 1894 une toile du maître dans l'église paroissiale.
En 1912, Zwiller fut nommé membre du salon de Paris qui comptait les peintres les plus célèbres de l'époque. Il continua de peindre jusqu'à sa mort survenue à Neuilly, le 24 juin 1939.
Fidèle à son aîné, Jean-Jacques HENNER, il aimait à dire que « le dessin est à la peinture ce que la connaissance anatomique est à la chirurgie ».
A droite de l'église paroissiale se dresse la pierre tombale de la mère et de l'épouse du peintre.